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12/08/2022

Le numéro de juillet 2022 est maintenant disponible ! – Blog des méthodes


Notre Numéro de juillet est maintenant en ligne ! Ce numéro contient 20 articles sur les dernières méthodes en écologie et évolution, y compris les méthodes de caractérisation de la biodiversité bactérienne du sol, l’identification des espèces de poissons dans les marchés aux poissons à l’aide de l’eDNA, la normalisation et le nettoyage des données de biodiversité et bien plus encore ! De plus, lisez l’éditorial sur notre passage à un modèle d’accès ouvert Gold ce mois-ci. Lisez la suite pour découvrir les articles vedettes de ce mois-ci et l’article derrière notre fabuleuse couverture de canard.

Éditorial : Un avenir ouvert pour MEE

Le passage à la publication en libre accès de la recherche s’est produit au cours des deux dernières décennies et s’est accéléré récemment avec certains des plus grands bailleurs de fonds de recherche au monde exigeant que leurs recherches financées soient bientôt publiées uniquement dans des revues en libre accès. Le moment est maintenant venu pour MEE de passer à l’étape suivante et de devenir une revue entièrement en libre accès. À partir du 6 juillet, tous les articles qui nous seront soumis seront finalement publiés en libre accès, et tous les contenus existants deviendront en libre accès à partir de janvier 2023. Lire l’intégralité éditorial pour en savoir plus.

Articles en vedette

Une analyse des algorithmes de simulation et des métriques graphiques utilisées pour quantifier la topologie Les réseaux fluviaux sont fréquemment simulés pour être utilisés dans le développement et la mise à l’essai de la théorie écologique. Actuellement, deux algorithmes principaux sont utilisés, les réseaux de branchement stochastiques (SBN) et les réseaux de canaux optimaux (OCN). La topologie de ces réseaux simulés et des rivières « réelles » est souvent quantifiée à l’aide de métriques théoriques des graphes ; cependant, à ce jour, il n’y a pas eu d’analyse complète de la façon dont ces algorithmes se comparent en ce qui concerne les métriques théoriques des graphes, ni d’analyse de la redondance et de la variabilité des métriques dans les réseaux écologiques dendritiques. Lee et al. visent à fournir des indications sur l’algorithme et les mesures à utiliser, et dans quelles circonstances.

Caractérisation de la biodiversité bactérienne du sol par cytométrie en flux La cytométrie en flux (FCM) est une technique puissante pour caractériser les communautés cellulaires en raison de sa grande robustesse et de sa précision, ne nécessitant que peu de temps pour la caractérisation. Par conséquent, la FCM pourrait étendre les capacités de recherche sur les sols en permettant la caractérisation de différents aspects de la biodiversité bactérienne. Ici, El Mujtar et al. faire le point sur l’utilisation de la cytométrie en flux dans la recherche scientifique et les protocoles utilisés pour l’extraction des bactéries du sol. Ils analysent la littérature pour faire le point sur la diversité des méthodologies de traitement des sols et des applications de la cytométrie en flux dans la caractérisation bactérienne en tenant compte de l’abondance, de la diversité, de la structure communautaire et des propriétés fonctionnelles.

Une boîte à outils pour normaliser, intégrer et nettoyer les données sur la biodiversité L’augmentation des bases de données sur la biodiversité en ligne et librement accessibles fournit une ressource vaste et inestimable pour soutenir la recherche et les politiques. Cependant, sans examen minutieux, les erreurs dans les données primaires d’occurrence des espèces peuvent conduire à des résultats erronés et à des informations trompeuses. Ici, Ribeiro et al. introduire le nettoyage des données sur la biodiversité (bdc), un package R pour résoudre les problèmes de qualité et améliorer l’aptitude à l’emploi des ensembles de données sur la biodiversité. Le forfait bdc regroupe plusieurs aspects du nettoyage des données sur la biodiversité en un seul endroit.

Méthode d’enquête basée sur l’eDNA pour les marchés aux poissons urbains L’état des connaissances pour de nombreuses espèces de poissons est limité par les techniques de surveillance actuelles, qui reposent sur des relevés visuels ou génétiques à forte intensité de main-d’œuvre de spécimens individuels (souvent à une résolution taxonomique incohérente ou grossière). Pour répondre au besoin de méthodes plus efficaces qui surveillent efficacement le commerce, Richards et al. ont développé une nouvelle application de métabarcodage basé sur l’ADNe qui peut identifier un large éventail de taxons de poissons à partir des effluents d’eau provenant des marchés aux poissons urbains.

Consortiums microbiens synthétiques avec interactions écologiques programmables

Au cœur de la composition, de la structure et de la fonction de toute communauté microbienne se trouve le réseau complexe d’interactions entre les espèces. Mais comprendre la complexité écrasante des réseaux d’interactions écologiques a été difficile, en raison au moins en partie du manque d’outils efficaces pour démêler les interactions entre les espèces dans les communautés microbiennes naturelles ou artificielles. Dans cette étude, Li et al. ont développé un système expérimental microbien qui permet de générer rapidement des consortiums microbiens avec des interactions écologiques programmables.

Le canard sur la couverture

La couverture de juillet du MEE montrant un canard noir du Pacifique en vol.

Un Pacific Black Duck équipé d’un tracker Anas superciliosa battant des ailes en se tenant debout sur une bûche dans un barrage de ferme dans la campagne de Victoria, en Australie. Outre les positions GPS, le traqueur développé par Druid Technology est capable d’enregistrer et de traduire les données brutes de l’accéléromètre en comportements toutes les 2 secondes, qui sont stockés à bord et téléchargés via 3G ou Bluetooth. La traduction des données de l’accéléromètre en comportement est effectuée par un algorithme téléchargé à distance sur le tracker. Cet algorithme est développé en utilisant l’apprentissage automatique sur des observations comportementales collectées simultanément et des données d’accéléromètre envoyées à l’observateur via Bluetooth. Le traitement et la transmission de données à bord se sont avérés économes en énergie et ont un faible coût en poids pour le tracker, offrant un grand potentiel pour ouvrir de nouveaux domaines dans la recherche écologique et comportementale sur un large éventail de taxons. Crédit photo : ©Trent Leen.





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