Un nouveau type de papier pour les méthodes – Blog des méthodes

À partir de 2026, Méthodes en écologie et évolution acceptera les soumissions d’un nouveau type de papier – Flux de travail – pour examen et publication éventuelle dans la revue. Jusqu’à présent, nous avons généralement considéré que les manuscrits décrivant une manière d’organiser les méthodes existantes en une séquence utile pour analyser un ensemble de données intéressant, faciliter la vie informatique ou créer un ensemble de telles méthodes existantes sortaient du champ d’application de ce que publie la revue (Ellison, 2023). Bien que des flux de travail simples qui s’appliquent uniquement à un seul taxon, écosystème ou problème précis et qui sont peu susceptibles d’intéresser le lectorat général de la revue seront toujours considérés comme hors de portée et non pris en compte pour examen, nous reconnaissons qu’il peut y avoir des flux de travail applicables à une large classe de problèmes, de types d’ensembles de données ou de conceptions expérimentales. Des manuscrits décrivant les tests de conception et l’analyse des performances de flux de travail plus complexes sont ce que nous rechercherons dans Flux de travail manuscrits.

Nous nous intéressons particulièrement à deux types de Flux de travail manuscrits:

1. Descriptions, tests et analyses d’assemblages nouveaux et largement utiles de logiciels ou d’outils informatiques (généralement) existants dans des pipelines utiles pour l’analyse d’ensembles de données complexes et volumineux d’une importance démontrable pour l’écologie et la biologie évolutive ; et
2. Descriptions, tests et analyses de procédures empiriques ou expérimentales utilisées pour générer des ensembles de données Big, y compris (mais sans s’y limiter) l’eDNA et l’omic, les métabarcodes et les varKodes (par exemple, de Madère et coll., 2025), et les produits d’observations par télédétection à l’échelle continentale ou à plus grande échelle (par exemple, Fischer et coll.2024).

Un révisable Flux de travail le manuscrit doit:

• Représenter une amélioration substantielle et quantifiable par rapport aux méthodologies existantes ;
• Inclure du code open source détaillé et bien commenté pour les flux de travail informatiques ou des instructions détaillées pour les flux de travail empiriques/expérimentaux ;
• Documenter l’analyse approfondie de la propagation des erreurs illustrant comment l’application séquentielle de plusieurs fonctions ou procédures dans le flux de travail contribue à l’incertitude globale (voir le chapitre 7 dans Dorman & Ellison, 2025 pour des exemples utiles) ; et
• Pour les flux de travail informatiques uniquement, une analyse de sensibilité approfondie (y compris une analyse d’ablation ou similaire pour les flux de travail qui utilisent des routines d’apprentissage automatique ou profond) avec des données simulées ou de référence et des tests du flux de travail sur un ensemble de données de référence existant ou sur un nouvel ensemble de données Big susceptible de devenir un ensemble de données de référence.

Flux de travail qui s’appliquent uniquement à un seul taxon, écosystème ou problème précis, ou qui manquent (si nécessaire) de code, de jeux d’instructions, d’analyse d’incertitude, de tests avec des données simulées, d’application à un ensemble de données de référence ou de comparaisons avec des méthodes et des flux de travail similaires ne seront pas examinés. Nous ne considérerons pas non plus les cadres qui suggèrent un flux de travail mais ne le décrivent pas, ne le testent pas ou ne l’analysent pas de manière adéquate.

Comme Articles de recherche dans la revue, Flux de travail doit comporter un maximum de 7 000 à 8 000 mots (y compris les légendes des tableaux/figures, les déclarations et la liste de références) et être formaté conformément aux Spécifications du manuscrit disponible sur la page d’accueil de la revue. Soumissions de Flux de travail doit être accompagné d’une liste de contrôle du flux de travail, également disponible sur la page d’accueil de la revue, qui doit être téléchargée sous forme de fichier réservé aux éditeurs. Archiver un flux de travail informatique ou le publier sur CRAN, PyPI, JuliaHub, etc.., ou en publiant un nouveau Big dataset sur le Référentiel d’apprentissage automatique UC Irvine ou Kaggle avant de soumettre le manuscrit ne sera pas considéré comme une publication antérieure et n’empêchera pas votre soumission d’être prise en compte par la revue.

Nous encourageons toute personne intéressée à soumettre une Flux de travail manuscrit pour envoyer une demande de pré-soumission à la rédaction. Au minimum, veuillez inclure le titre provisoire du manuscrit, le résumé et le document complété. Flux de travail liste de contrôle du manuscrit avec votre demande préalable à la soumission.

Références

de Medeiros, BAS, Cai, L., Flynn, PJ Yan, Y., Duan, X., Marinho, LC, Anderson, C. et Davis, CC (2025) Une signature ADN universelle composite pour l’arbre de vie. Écologie et évolution de la nature 91426-1440. DOÏ : 10.1038/s41559-025-02752-1

Dormann, CF et Ellison, AM (2025) Statistiques par simulation : une approche de données synthétiques. Princeton University Press, Princeton, New Jersey, États-Unis.

Ellison, AM (2023), Plus ça change, plus c’est la même chose: A l’occasion de notre quattuordécennal, une bonne Méthodes le papier ne parle toujours pas de mon ami le dauphin. Méthodes en écologie et évolution, 142904-2906. DOÏ : 10.1111/2041-210X.14232

Fischer, FJ, Jackson, T., Vincent, G. et Jucker, T. (2024). Caractérisation robuste de la structure forestière à partir d’un balayage laser aéroporté : une évaluation systématique et un flux de travail d’échantillonnage pour les écologistes. Méthodes en écologie et évolution, 151873-1888. DOÏ : 10.1111/2041-210X.14416