Notre numéro de septembre est sorti maintenant! – Blog de méthodes
Ce problème Contient les dernières méthodes d’écologie et d’évolution. Lisez pour découvrir les articles en vedette de ce mois-ci et l’article derrière notre couverture!
En vedette
Deepdiver – Un logiciel pour l’estimation en profondeur de la paléodiversité des occurrences fossiles
L’incomplétude du dossier fossile présente un obstacle à l’estimation des changements de biodiversité que les méthodes statistiques standard ont du mal à tenir compte. Ici, les auteurs présentent Deepdiver, un compagnon de package R pour le programme Deepdive Python, facilitant l’estimation de la biodiversité à partir des données d’occurrence fossile. La méthode utilise un réseau neuronal profond formé par la simulation pour générer des prédictions du changement de biodiversité dans le temps, tout en tenant compte des hétérogénéités temporelles, spatiales et taxonomiques dans la préservation et l’échantillonnage.
Conception efficace de la chambre de chauffage pour simuler les vagues de chaleur aiguës et le réchauffement nocturne pour les communautés écologiques dans des conditions de champ naturel
Les vagues de chaleur augmentent en intensité, en durée et en fréquence, mais étudier les ondes thermiques dans des conditions de champ (in situ) reste difficile. Ici, les auteurs ont conçu et construit un équipement pour simuler un événement de chaleur extrême dans des conditions de terrain qui combine le réchauffement passif dans des chambres semi-fermées et un chauffage convectif actif, en utilisant des radiateurs diesel portables pour fournir de l’air chaud dans des chambres cylindriques de 1,5 m de diamètre. Les systèmes de chauffage actifs peuvent être programmés avec des profils de température cible pour chauffer jour et nuit. La conception peut être appliquée pour simuler une gamme de scénarios de chaleur extrêmes sur les communautés écologiques, y compris le réchauffement nocturne, les extrêmes extrêmes de jour, une intensité de chaleur variée, une durée, une fréquence d’événements, des durées de période de récupération et des combinaisons de celles-ci.
Au-delà de la médecine: une preuve de concept pour l’analyse de synergie en écotoxicologie
Dans la recherche sur les médicaments médicinaux, la méthode de SynergyFinder a été largement adoptée pour caractériser les interactions médicamenteuses dose-dépendantes, mais son application dans d’autres domaines scientifiques reste inexplorée. Ici, comme preuve de concept, les auteurs démontrent l’aptitude de cette méthode d’écotoxicologie et de recherche environnementale à l’aide d’un modèle de pollinisateur, du bourdon à queue buff et de deux principaux polluants environnementaux, à savoir le cuivre et le cadmium. Cette étude est la première à étendre l’approche SynergyFinder au-delà des applications médicinales et à la compléter avec des tests d’hypothèse statistique robustes, fournissant un cadre plus rigoureux pour analyser les interactions chimiques face à une crise mondiale de pollution.
Suivi et biométrie des requins à poils zéro à partir d’images aériennes
Le développement de modèles d’apprentissage automatique (ML) pour analyser l’imagerie aérienne des animaux marins a suivi le paradigme classique de la formation, des tests et du déploiement d’un nouveau modèle pour chaque ensemble de données, nécessitant un temps important, des efforts humains et une expertise ML. Ici, les auteurs introduisent l’alignement et le suivi au niveau du cadre (FLAIR), qui exploite la compréhension vidéo du segment tout le modèle 2 (SAM 2) et les capacités de vision de la pré-formation d’image linguistique contrastive (clip). Flair prend une vidéo de drone comme entrée et produit des masques de segmentation des espèces d’intérêt à travers la vidéo. Notamment, Flair exploite une approche nulle, éliminant le besoin de données étiquetées, formant un nouveau modèle ou affinage un modèle existant pour se généraliser à d’autres espèces.
Séparer le signal biologique du bruit méthodologique dans les estimations du domaine vital
Les technologies de suivi et les méthodes analytiques peuvent introduire des biais dans les estimations de la taille du domaine vital. Ici, les auteurs ont évalué ces biais potentiels en utilisant des données de suivi simulées et publié des estimations de taille du plage d’accueil à partir d’études de suivi des animaux empiriques, en utilisant des Hawksbill et des tortues vertes comme exemples. Leurs résultats suggèrent que dans de nombreux cas, les Hawksbill et les tortues vertes ont des gammes familiales relativement petites avec cette image de leur utilisation limité d’espace qui n’émerge que par le suivi à haute précision. Les auteurs conclusions générales s’appliquent probablement largement à tous les taxons et auront un impact sur les tentatives d’évaluation des modèles de taille vitale enregistrés pour les individus dans toutes les études dans différentes régions.
Image de couverture
Les informations sur la biodiversité peuvent être exploitées en capturant et en analysant l’ADN environnemental aérien (EDNA). Cependant, les méthodes précédentes de collecte aéroportée EDNA se sont appuyées sur des équipements encombrants et / ou des alimentations électroniques, limitant considérablement l’application large d’un tel échantillonnage sur le terrain. Une nouvelle étude démontre que les échantillonneurs passifs à base de poussière électrostatique à base de poussière (celui montré sur la photo) peuvent collecter efficacement l’EDNA en suspension dans l’air et récupérer des signaux génétiques de centaines d’espèces végétales et animales dans la zone environnante (Lin et al. 2025). Les expériences d’échantillonnage temporel ont en outre révélé un renouvellement rapide de la composition aéroportée de l’EDNA, mettant en évidence le potentiel des échantillonneurs de biosurveillance en temps réel. Cette approche efficace, polyvalente et rentable permet des biosurveillants dans des conditions de terrain difficiles, à de fines résolutions spatio-temporelles, et à travers les gammes d’échantillonnage à grande échelle. Crédit d’image: Sheng Li.
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