Notre numéro de juin est sorti maintenant! – Blog de méthodes

Ce problème Contient les dernières méthodes d’écologie et d’évolution, y compris les articles de la fonctionnalité spéciale Innovation dans la pratique. Lisez pour découvrir les articles en vedette de ce mois-ci et l’article derrière notre couverture!

En vedette

Eckochain: une base de données équitable basée sur la blockchain pour les données écologiques à long terme

Les pratiques de données ouvertes en écologie sont de plus en plus acceptées, mais les données écologiques primaires à long terme restent difficiles à trouver. Pour inciter les données écologiques primaires ouvertes et assurer une conservation à long terme, les auteurs proposent une approche de gestion des données décentralisée à l’aide de la technologie de la blockchain. Ils présentent l’Eckochain, une base de données écologique basée sur la blockchain écologique. Alors que les métadonnées et les politiques d’accès sont distribuées à tous les membres du réseau, les données primaires restent avec les propriétaires de données et sont servis à la demande à des parties approuvées en fonction des licences d’utilisation spécifiées. Les détails des demandes de données sont préservés indéfiniment sur la blockchain et servent des accords d’utilisation des données vérifiables. Avec la base de données distribuée basée sur la blockchain, les auteurs plaident pour la science ouverte et la transparence dans la gestion à long terme des données écologiques.

Permettant la science de la synthèse environnementale collaborative et reproductible des données

Brun et al. Partagez les leçons tirées de la fourniture d’un soutien informatique scientifique à plus de 600 chercheurs et des experts en discipline, en les aidant à développer des flux de travail analytiques reproductibles et évolutifs pour traiter de grandes quantités de données hétérogènes. Les auteurs partagent leurs expériences pour permettre aux chercheurs de faire la science de manière plus collaborative et plus reproductible au-delà de tout projet spécifique, avec des effets durables sur la façon dont les chercheurs mènent la science.

Phylospatial: un ensemble R pour l’analyse phylogénétique spatiale avec des données communautaires quantitatives

Les auteurs présentent une phypatiale, un nouveau package R qui soutient pleinement les données de la probabilité, de l’abondance et de la communauté binaire dans une gamme d’analyses de diversité phylogénétique spatiale (PD). Le package traite les trois types de données dans un cadre commun, tout en les manipulant de manière distincte aux points clés du pipeline d’analyse. Il s’intègre également aux formats de données raster et vectoriels, fournissant des flux de travail efficaces pour les données géospatiales. Les auteurs illustrent la fonctionnalité du package à l’aide d’un ensemble de données de phylogénie et de probabilités d’occurrence modélisées pour 5200 espèces de plantes californiennes. La bibliothèque phypatiale représente un ajout important aux outils existants pour l’analyse spatiale de la MP.

Céphalopode, un ensemble pour normaliser les pratiques de modélisation de l’habitat marin et améliorer l’inter-comparabilité à travers les observations biologiques

Les auteurs introduisent des céphalopodes (pipeline d’ensembles complets pour la modélisation de l’habitat à travers les ensembles de données d’observation pélagique océanique à grande échelle), un cadre standardisé, hautement automatisé et flexible conçu pour intégrer et analyser les données marines hétérogènes pour la modélisation d’habitats multi-espèces après les meilleures pratiques dans le domaine. Dans cette étude, les auteurs documentent leur approche de modélisation d’ensemble statistique, puis évaluent ses forces et ses limites avec une approche écologiste virtuelle. Ils montrent comment leur cadre fonctionne pour reproduire une gamme de distributions à partir d’échantillons de champ biaisés. Le cadre sert de base à la génération cohérente de la biodiversité et des variables océaniques essentielles et a le potentiel pour faire progresser considérablement notre compréhension de la biodiversité et du fonctionnement des écosystèmes marins.

Modèles de distribution d’agents et corrélatifs basés sur des agents: évaluation des performances prédictives avec des données réelles et simulées

Les modèles de distribution des espèces (SDM) ont été largement utilisés en écologie pour comprendre comment les espèces sont liées à la variation environnementale. Dans cette étude, Sirén et al., Comparez les modèles de distribution des espèces corrélatifs et mécanistes dans des tâches de prédiction dans différents scénarios. Ils définissent un modèle mécaniste basé sur des agents de dynamique de consommation de ressources pour générer des données avec des processus connus et des valeurs de paramètres. Ils s’adaptent aux modèles corrélatifs et mécanistes à ces données pour étudier dans quelles conditions les modèles mécanistes pourraient donner des prédictions plus précises et leur robustesse à une éventuelle spécification du modèle. Les auteurs trouvent que les modèles de distribution des espèces mécanistes peuvent fournir un avantage significatif dans la prédiction par rapport aux modèles corrélatifs plus couramment utilisés lors de la prédiction de nouvelles conditions environnementales.

Image de couverture

L’image de couverture présente un homme Marenestha Inconspicuaun minuscule cricket de brousse endémique au centre du Chili. Bien que la morphe la plus courante dans cette espèce soit verte, ce spécimen jaune a saisi sa coloration comme camouflage tout en se nourrissant Chester Des fleurs, présentant comment des insectes comme celui-ci peuvent jouer un rôle important dans la pollinisation.

Cette espèce était l’une des inspirations derrière Rthopteraun package R brillant pour la bioacoustique des insectes. Bien que le domaine de la bioacoustique ait commencé avec des études sur le chant de cricket il y a près d’un siècle, les chercheurs n’ont pas encore un outil complet pour une analyse standardisée. Ainsi, beaucoup reposent sur des approches multi-logements qui compliquent les analyses et les chiffres.

Pour résoudre cet écart, Rthoptera Permet aux chercheurs ayant un niveau d’expérience en R d’obtenir facilement des mesures précises et des tracés standard à partir de signaux d’insectes focalisés, en particulier pour ceux produits par des espèces dans l’ordre des orthoptères. Nous espérons que cet outil encouragera davantage de chercheurs à inclure une analyse bioacoustique lors de la description de nouvelles espèces ou de la documentation des révisions de groupes taxonomiques.

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