Une méthode de capture basée sur l’enrichissement en ADN nucléaire (HYRAD) s’appliquait à l’ADN environnemental. – Blog de méthodes

Post fourni par Stéphanie Manel.

Pourquoi utiliser Hyrad pour la capture d’Edna?

Les approches traditionnelles de génétique de la population nécessitent l’échantillonnage des tissus d’individus, ce qui est problématique dans les environnements aquatiques où la collecte des échantillons est souvent difficile. Le filtrage de l’eau permet aux chercheurs de collecter l’ADN environnemental (EDNA), le matériel génétique versé par les organismes dans leur environnement. Contrairement aux approches ciblant un seul code-barres d’ADN, Hyrad permet la capture de plusieurs fragments d’ADN nucléaire présents dans l’échantillon d’EDNA, ce qui permet d’étudier la diversité génétique et la structure de la population intraspécifique.

Démarrage des métadonnées

Comment ça marche?

Le protocole a été développé pour la première fois il y a près d’une décennie dans le laboratoire de Nadir Alvarez à l’Université de Lausanne (Suisse) pour étudier l’ADN historique et ancien. Il a été progressivement affiné et élargi au fur et à mesure que le laboratoire d’Alvarez a déménagé, d’abord au Genève Natural History Museum et plus récemment au Lausanne Naturuum (Suisse). Ensemble, nous avons adapté le protocole aux applications d’ADN environnementales. Des sondes en fragments de l’ADN cible ont été produites à partir de quelques échantillons de tissus frais. Ces sondes ont ensuite été hybrides avec des échantillons d’EDNA après une étape d’enrichissement, suivi d’un séquençage à haut débit. Les travaux de laboratoire ont été réalisés dans l’équipe de Stéphanie Manel au Centre d’Ecologie Fonctionlle et évolutive (CEFE, Montpellier, France).

Mettre la capture de Hyrad Edna à l’épreuve.

Ciblant la grenouille commune, nous avons détecté des modèles de différenciation génétique précédemment connus entre les étangs, en utilisant rien de plus que des échantillons d’eau des étangs.

Pourquoi ça compte?

Nous sommes fascinés par ce résultat. Il ouvre de grandes perspectives pour explorer la diversité génétique de manière non invasive, en particulier pour les espèces marines difficiles à étudier en raison des défis des méthodes d’échantillonnage traditionnelles. Il s’agit également d’une étape importante pour la conservation: l’EDNA pourrait fournir des indicateurs génétiques alignés sur le nouvel objectif mondial de surveillance et de préservation de la diversité génétique de toutes les espèces, comme indiqué lors de la convention de la diversité biologique (CBD) de la Convention de 2022 à Kunming-Montreal.

Quelle est la prochaine étape?

En collaboration avec le PARC Naturel Marin Cap Corse et Agriate et le bureau Français de la Biodiversité, nous appliquons actuellement cette approche aux échantillons EDNA prélevés derrière des gousses de dauphins de bouteilles. La question clé est la suivante: à quel point les gousses de dauphins sont-elles génétiquement distinctes dans les eaux corses? Cette approche offre une alternative non invasive à l’échantillonnage des tissus, comme les biopsies, qui sont souvent utilisées dans les études de cétacés mais peuvent être nocives pour les animaux et contre-productifs aux efforts de conservation.

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Post édité par Swifenwe et Prayer Kanyile.