Un package R pour calculer des métriques 3D pour les surfaces et les objets – Methods Blog

Tout au long du mois de mars, nous présentons articles présélectionnés pour le prix Robert May 2025. Le Prix ​​Robert May est récompensé chaque année par la British Ecological Society pour le meilleur article sur les méthodes en écologie et évolution rédigé par un auteur en début de carrière. L’article de Nina Schiettekatte ‘outils d’habillage: Un package R pour calculer des métriques 3D pour les surfaces et les objets » fait partie des finalistes pour ce prix.

À propos du papier

Quel est le sujet de votre article présélectionné et à quoi cherchez-vous à répondre avec votre recherche ?

Notre article présente le package R outils d’habillagequi comprend des fonctions R pour calculer efficacement les métriques de complexité et de forme à partir de modèles numériques d’élévation, de maillages 3D et de formes 2D, ainsi que certaines fonctions d’assistance pour faciliter le flux de travail. L’idée derrière le développement de ce package était de permettre aux écologistes et aux praticiens d’appliquer plus facilement des méthodes standardisées pour quantifier la complexité structurelle des habitats et des organismes.

Avez-vous été surpris par quelque chose en travaillant dessus ? Avez-vous eu des défis à surmonter ?

Une mesure de complexité en particulier, la dimension fractale, a causé beaucoup de confusion et a été quantifiée dans d’autres travaux en utilisant diverses échelles et méthodes, sans toujours rendre compte des détails méthodologiques. Puisque la plupart des surfaces ne sont pas des fractales parfaites, la méthode et l’échelle choisies peuvent avoir une grande influence sur le résultat. Néanmoins, la dimension fractale reste une mesure écologiquement pertinente, affectant des aspects clés de la communauté tels que la répartition par taille et la biodiversité. Nos recommandations et une fonction permettant de diagnostiquer la méthode et l’échelle choisies peuvent aider les chercheurs à quantifier la dimension fractale de manière rationalisée et faciliter la comparaison entre les études futures.

Quelle sera la prochaine étape dans ce domaine ?

Les prochaines étapes consisteront notamment à améliorer notre compréhension de la façon dont la complexité structurelle affecte les communautés biologiques et le fonctionnement des écosystèmes dans divers écosystèmes et à quantifier la façon dont la forme des surfaces évolue à différentes échelles.

Quels sont les impacts ou implications plus larges de votre recherche sur les politiques ou la pratique ?

De la destruction des habitats (par exemple le chalutage de fond) au déclin des ingénieurs des écosystèmes dû au changement climatique (par exemple le blanchissement massif des coraux), les humains modifient la structure physique des habitats à travers le monde, ce qui affecte inévitablement leurs habitants. Nous espérons que les outils que nous avons créés pourront être utilisés pour suivre de tels changements structurels. De plus, notre package pourrait être utilisé pour comparer les habitats artificiels et naturels afin d’éclairer les efforts de restauration.

À propos de l’auteur

Quel est votre poste actuel ?

Je suis actuellement chercheur postdoctoral et travaille au Laboratoire Marin MARE Guia, Université de Lisbonne.

Avez-vous poursuivi les recherches sur lesquelles porte votre article ?

Oui, j’applique les outils que nous avons développés pour évaluer l’effet de la complexité structurelle des récifs coralliens sur les fonctions écosystémiques médiées par les poissons. De plus, je travaille sur un cadre théorique prédisant comment la biodiversité évolue avec une complexité structurelle variable.

Quel conseil donneriez-vous à quelqu’un dans votre domaine ?

À une époque où l’IA et la pression de la publication accélèrent plus que jamais la recherche universitaire, prendre le temps de réfléchir en profondeur à un problème est presque un acte de rébellion. N’ayez pas peur d’être lent.