Comment l’utilisation de plusieurs méthodes de surveillance peut nous aider à suivre les maladies à faible prévalence – The Applied Ecologist
Abigail Feuka explique comment elle, aux côtés de ses collègues, utilisé trois méthodes de surveillance estimer la probabilité de présence et de propagation d’un agent pathogène à faible prévalence à l’échelle du paysage dans des conditions de couverture d’échantillonnage incomplète.
Maladie de la faune
La pandémie de COVID-19 a entraîné la transmission de la maladie des animaux aux humains sous les projecteurs du public. Mais étudier les maladies de la faune sauvage peut être délicat, en particulier les maladies à faible prévalence, pour lesquelles proportionnellement peu d’individus dans une population sont positifs. Pour ces maladies, de nombreux échantillons sont nécessaires pour déterminer si la maladie est présente dans une zone ou une population.
Mais si peu d’individus dans une population sont infectés, la maladie est-elle vraiment si dangereuse ? La réponse dépend de l’agent pathogène et de ses risques : lorsqu’il s’agit d’agents pathogènes qui provoquent des maladies chroniques, potentiellement mortelles (si elles ne sont pas traitées), transmissibles entre la faune sauvage, le bétail et les humains, le risque pour la santé humaine et la production alimentaire est élevé.
Tuberculose bovine
C’est le cas des éleveurs, des chasseurs et des gestionnaires de la faune du nord du Michigan, aux États-Unis, qui vivent là où tuberculose bovine (ou tuberculose bovine) est endémique ou se produit régulièrement. La tuberculose bovine est une infection à évolution lente qui affecte les poumons et est transmissible aux cerfs, aux bovins et aux humains par contact étroit ou par la consommation de produits laitiers non pasteurisés.
Dans la zone de cinq comtés englobant la zone d’endémie de tuberculose bovine du Michigan, seuls 4 à 12 cerfs pour mille échantillonnés sont positifs à la tuberculose bovine. Malgré ce faible taux de cas positifs, notre équipe de recherche a souhaité déterminer le risque spatial de tuberculose bovine dans le comté d’Alpena, au centre de la zone d’endémie de tuberculose bovine du Michigan. En cartographiant les endroits où la tuberculose bovine est le plus susceptible de se produire, nous avons cherché à fournir un outil pour aider les gestionnaires de la faune sauvage à cibler les actions qui ralentissent et préviennent la propagation de la tuberculose bovine.
L’étude
Pour ce faire, nous avons utilisé les résultats de tests de tuberculose bovine sur plus de dix mille cerfs obtenus auprès de nombreuses sources, y compris des échantillons provenant de chasseurs, qui soumettent volontairement leurs têtes de cerf au ministère des Ressources naturelles du Michigan pour analyse, et du ministère américain de l’Agriculture, qui utiliser les permis de contrôle des maladies pour éliminer les cerfs sur une propriété privée comme forme de gestion des maladies. Les échantillons restants ont été obtenus de manière opportuniste, par exemple auprès de cerfs tués sur la route ou auprès de propriétaires fonciers utilisant des permis de dommages aux cultures pour retirer les cerfs de leur propriété.
Nous avons divisé le comté d’Alpena en une zone de 25 km2 grille pour cartographier les probabilités de tuberculose bovine dans la population de cerfs à l’échelle du paysage. En échantillonnant plusieurs cerfs dans une cellule de grille, nous pourrions déterminer l’efficacité de chaque méthode de surveillance pour détecter la tuberculose bovine dans la population à cette échelle spatiale.
Résultats
Nous avons constaté que les cerfs abattus par des professionnels de l’agence étaient les moins susceptibles d’être positifs à la tuberculose bovine (1 % de chance), et que les cerfs abattus par le biais d’une récolte publique étaient les plus susceptibles d’être positifs (3 % de chance). Cela pourrait être dû au fait que les chasseurs peuvent utiliser des terres publiques et privées, en fonction de leur permis, ce qui leur permet d’échantillonner davantage le paysage que les professionnels des agences, qui n’obtiennent des cerfs que dans les élevages de bovins inscrits à un programme d’atténuation de la tuberculose bovine.
Les zones avec une plus grande densité estimée de cerfs présentaient une probabilité accrue d’être infectées par la tuberculose bovine. La propagation a été relativement lente à l’échelle du paysage, avec un risque de 8 à 27 % que la tuberculose bovine se propage dans un rayon de 25 km.2 superficie, en fonction de la densité des cerfs. Comme prévu pour une maladie chronique à évolution lente, notre analyse a montré que la tuberculose bovine a une forte résistance : il y avait 66 % de chances qu’une zone continue à avoir la tuberculose bovine si elle était positive l’année précédente.
Ces résultats indiquent que les zones avec de plus grandes densités de cerfs présentent le risque le plus élevé de propagation de la tuberculose bovine et pourraient constituer de bonnes cibles pour les mesures de biosécurité. De plus, nous pouvons généralement nous attendre à ce que la tuberculose bovine reste dans les zones où elle existait auparavant, et ne disparaisse pas d’elle-même d’une population de cerfs.
Enfin, nous avons constaté que l’utilisation de plusieurs méthodes de surveillance améliorait les estimations de la propagation de la maladie. Notre étude démontre l’importance d’utiliser toutes les données disponibles pour créer de meilleurs modèles de propagation des maladies qui éclairent les actions de gestion.
Le ministère des Ressources naturelles du Michigan peut utiliser ces cartes pour déterminer quelles zones sont de bons candidats pour un nombre accru de permis de chasse au cerf afin de réduire la propagation de la tuberculose bovine et cibler les sites pour des essais de vaccination des cerfs. Le programme d’atténuation des risques liés à la faune de l’État peut utiliser nos résultats pour prioriser les éleveurs de bovins qui pourraient le plus utiliser une clôture pour cerfs autour de leur propriété.
Évaluer le risque de maladie de la faune sauvage peut être difficile, mais disposer d’outils comme notre modèle pour aider à quantifier le risque potentiel peut contribuer à éclairer une allocation efficace des ressources pour gérer la propagation des maladies au bétail, à la faune et aux humains.
25/01/2024
Comment l’utilisation de plusieurs méthodes de surveillance peut nous aider à suivre les maladies à faible prévalence – The Applied Ecologist
Abigail Feuka explique comment elle, aux côtés de ses collègues, utilisé trois méthodes de surveillance estimer la probabilité de présence et de propagation d’un agent pathogène à faible prévalence à l’échelle du paysage dans des conditions de couverture d’échantillonnage incomplète.
Maladie de la faune
La pandémie de COVID-19 a entraîné la transmission de la maladie des animaux aux humains sous les projecteurs du public. Mais étudier les maladies de la faune sauvage peut être délicat, en particulier les maladies à faible prévalence, pour lesquelles proportionnellement peu d’individus dans une population sont positifs. Pour ces maladies, de nombreux échantillons sont nécessaires pour déterminer si la maladie est présente dans une zone ou une population.
Mais si peu d’individus dans une population sont infectés, la maladie est-elle vraiment si dangereuse ? La réponse dépend de l’agent pathogène et de ses risques : lorsqu’il s’agit d’agents pathogènes qui provoquent des maladies chroniques, potentiellement mortelles (si elles ne sont pas traitées), transmissibles entre la faune sauvage, le bétail et les humains, le risque pour la santé humaine et la production alimentaire est élevé.
Tuberculose bovine
C’est le cas des éleveurs, des chasseurs et des gestionnaires de la faune du nord du Michigan, aux États-Unis, qui vivent là où tuberculose bovine (ou tuberculose bovine) est endémique ou se produit régulièrement. La tuberculose bovine est une infection à évolution lente qui affecte les poumons et est transmissible aux cerfs, aux bovins et aux humains par contact étroit ou par la consommation de produits laitiers non pasteurisés.
Dans la zone de cinq comtés englobant la zone d’endémie de tuberculose bovine du Michigan, seuls 4 à 12 cerfs pour mille échantillonnés sont positifs à la tuberculose bovine. Malgré ce faible taux de cas positifs, notre équipe de recherche a souhaité déterminer le risque spatial de tuberculose bovine dans le comté d’Alpena, au centre de la zone d’endémie de tuberculose bovine du Michigan. En cartographiant les endroits où la tuberculose bovine est le plus susceptible de se produire, nous avons cherché à fournir un outil pour aider les gestionnaires de la faune sauvage à cibler les actions qui ralentissent et préviennent la propagation de la tuberculose bovine.
L’étude
Pour ce faire, nous avons utilisé les résultats de tests de tuberculose bovine sur plus de dix mille cerfs obtenus auprès de nombreuses sources, y compris des échantillons provenant de chasseurs, qui soumettent volontairement leurs têtes de cerf au ministère des Ressources naturelles du Michigan pour analyse, et du ministère américain de l’Agriculture, qui utiliser les permis de contrôle des maladies pour éliminer les cerfs sur une propriété privée comme forme de gestion des maladies. Les échantillons restants ont été obtenus de manière opportuniste, par exemple auprès de cerfs tués sur la route ou auprès de propriétaires fonciers utilisant des permis de dommages aux cultures pour retirer les cerfs de leur propriété.
Nous avons divisé le comté d’Alpena en une zone de 25 km2 grille pour cartographier les probabilités de tuberculose bovine dans la population de cerfs à l’échelle du paysage. En échantillonnant plusieurs cerfs dans une cellule de grille, nous pourrions déterminer l’efficacité de chaque méthode de surveillance pour détecter la tuberculose bovine dans la population à cette échelle spatiale.
Résultats
Nous avons constaté que les cerfs abattus par des professionnels de l’agence étaient les moins susceptibles d’être positifs à la tuberculose bovine (1 % de chance), et que les cerfs abattus par le biais d’une récolte publique étaient les plus susceptibles d’être positifs (3 % de chance). Cela pourrait être dû au fait que les chasseurs peuvent utiliser des terres publiques et privées, en fonction de leur permis, ce qui leur permet d’échantillonner davantage le paysage que les professionnels des agences, qui n’obtiennent des cerfs que dans les élevages de bovins inscrits à un programme d’atténuation de la tuberculose bovine.
Les zones avec une plus grande densité estimée de cerfs présentaient une probabilité accrue d’être infectées par la tuberculose bovine. La propagation a été relativement lente à l’échelle du paysage, avec un risque de 8 à 27 % que la tuberculose bovine se propage dans un rayon de 25 km.2 superficie, en fonction de la densité des cerfs. Comme prévu pour une maladie chronique à évolution lente, notre analyse a montré que la tuberculose bovine a une forte résistance : il y avait 66 % de chances qu’une zone continue à avoir la tuberculose bovine si elle était positive l’année précédente.
Ces résultats indiquent que les zones avec de plus grandes densités de cerfs présentent le risque le plus élevé de propagation de la tuberculose bovine et pourraient constituer de bonnes cibles pour les mesures de biosécurité. De plus, nous pouvons généralement nous attendre à ce que la tuberculose bovine reste dans les zones où elle existait auparavant, et ne disparaisse pas d’elle-même d’une population de cerfs.
Enfin, nous avons constaté que l’utilisation de plusieurs méthodes de surveillance améliorait les estimations de la propagation de la maladie. Notre étude démontre l’importance d’utiliser toutes les données disponibles pour créer de meilleurs modèles de propagation des maladies qui éclairent les actions de gestion.
Le ministère des Ressources naturelles du Michigan peut utiliser ces cartes pour déterminer quelles zones sont de bons candidats pour un nombre accru de permis de chasse au cerf afin de réduire la propagation de la tuberculose bovine et cibler les sites pour des essais de vaccination des cerfs. Le programme d’atténuation des risques liés à la faune de l’État peut utiliser nos résultats pour prioriser les éleveurs de bovins qui pourraient le plus utiliser une clôture pour cerfs autour de leur propriété.
Évaluer le risque de maladie de la faune sauvage peut être difficile, mais disposer d’outils comme notre modèle pour aider à quantifier le risque potentiel peut contribuer à éclairer une allocation efficace des ressources pour gérer la propagation des maladies au bétail, à la faune et aux humains.
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