Une étude récemment publiée décrit comment les chercheurs ont collaboré pour concevoir la première feuille de route complète pour protéger la vie microbienne. L’effort a été dirigé par le professeur Jack Gilbert, président d’Applied Microbiology International.
Le travail apparaît dans l’article intitulé « Sauvegarder la biodiversité microbienne : Groupe de spécialistes de la conservation microbienne (MCSG) au sein de la Commission de survie des espèces de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) », publié dans Microbiologie durableune revue AMI.
Lancer un nouvel effort mondial à travers l’UICN
En juillet 2025, l’UICN a officiellement créé le MCSG au sein de sa Commission pour la survie des espèces. Le groupe est coprésidé par le Professeur Gilbert et Raquel Peixoto (KAUST/ISME). Sa formation fait suite à un atelier de mai dirigé par le professeur Gilbert qui a réuni des spécialistes de la conservation et des microbiologistes pour explorer la manière dont les objectifs de conservation traditionnels s’appliquent dans un monde régi par les processus microbiens.
« Il s’agit de la première coalition mondiale dédiée à la sauvegarde de la biodiversité microbienne, qui représente les « 99 % invisibles de la vie », afin de garantir que les microbes soient reconnus comme essentiels aux systèmes écologiques, climatiques et de santé de la planète », a déclaré le professeur Gilbert.
Il a ajouté : « Je pense que cela recadre la conservation de la sauvegarde d’espèces individuelles à la préservation des réseaux de vie invisible qui rendent la vie visible possible — un changement de paradigme vers la santé planétaire. Cela nous donne également un très bon aperçu des outils microbiens qui peuvent soutenir l’action de conservation — afin que nous puissions utiliser la microbiologie pour résoudre les plus grands problèmes du monde. »
Pourquoi la biodiversité microbienne est importante pour la planète
Les microbes jouent un rôle essentiel dans la fertilité des sols, le cycle du carbone, la productivité marine et la santé des plantes et des animaux. Malgré cela, ils apparaissent rarement dans les politiques de conservation. Le professeur Gilbert a noté que négliger la diversité microbienne affaiblit la résilience climatique, la sécurité alimentaire et les efforts de restauration des écosystèmes. Il a expliqué : « Le MCSG comble cette lacune en intégrant la microbiologie directement dans les mécanismes de conservation de l’UICN, c’est-à-dire en utilisant les critères de la Liste rouge, les évaluations des écosystèmes et les programmes de restauration, pour rendre les microbes visibles dans la politique, et pas seulement dans la science.
Construire un réseau mondial pour guider la conservation microbienne
Au cours des deux dernières années, les membres fondateurs ont rassemblé une communauté internationale de microbiologistes, d’écologistes, d’experts juridiques et de détenteurs de connaissances autochtones de plus de 30 pays. Ensemble, ils ont créé la première feuille de route pour la conservation microbienne, décrivant cinq composantes essentielles du cycle de conservation des espèces de l’UICN :
- Évaluation — développer des mesures compatibles avec la Liste rouge pour les communautés microbiennes et les biobanques.
- Planification — créer des cadres éthiques et économiques pour les interventions microbiennes.
- Action — projets pilotes de restauration utilisant des solutions microbiennes (probiotiques coralliens, microbiomes carbonés du sol, faune résistante aux pathogènes).
- Réseautage — connecter les scientifiques, les collections culturelles et les gardiens autochtones du monde entier.
- Communication et politique — lancer des campagnes publiques et politiques, notamment « Invisible mais indispensable ».
Les premiers travaux sont soutenus par le financement de la Fondation Gordon & Betty Moore, ainsi que par le soutien en nature de l’AMI et de l’ISME. Cette première phase se concentre sur la cartographie des points chauds microbiens, la création d’indices de conservation et la liaison des biobanques microbiennes existantes dans une archive mondiale coordonnée.
Surmonter les défis scientifiques et éthiques
Le professeur Gilbert a expliqué que la création d’un cadre de conservation de la vie microscopique se heurte à des obstacles scientifiques et conceptuels complexes. Ces défis comprennent :
- Déterminer ce qui est considéré comme une « espèce microbienne » selon les critères de la Liste rouge.
- Intégrer des informations génomiques et écologiques dans des systèmes initialement développés pour les plantes et les animaux.
- Aborder la croyance selon laquelle les microbes sont trop résilients ou trop complexes pour nécessiter une protection.
« La conservation microbienne doit faire face à une énorme diversité invisible et à des structures communautaires très dynamiques qui défient les concepts classiques d’espèces. L’instabilité taxonomique, le manque de références à long terme et la manipulation éthique des échantillons microbiens (y compris le microbiote autochtone ou associé à l’homme) nécessitent tous de nouvelles définitions de « perte », de « restauration » et de « droits des microbes » », a-t-il déclaré.
Il a ajouté : « Mais une étape majeure s’est produite lorsque l’UICN a approuvé le MCSG en tant que groupe de spécialistes formel – étendant officiellement pour la première fois la conservation mondiale aux microbes. »
Plans pour la prochaine phase des travaux de conservation
Les prochains objectifs du groupe comprennent :
- Développer le premier cadre de la Liste rouge microbienne d’ici 2027.
- Création de cartes mondiales des points chauds microbiens dans les systèmes pédologiques, marins et associés à l’hôte.
- Tester des stratégies de conservation telles que la bioremédiation microbienne, les probiotiques coralliens et la restauration du carbone du sol.
- Veiller à ce que les indicateurs microbiens soient intégrés aux côtés des plantes et des animaux dans les objectifs de l’UICN et de l’ONU en matière de biodiversité d’ici 2030.
Ce qui est nécessaire pour un progrès à long terme
Des investissements soutenus seront essentiels pour étendre les réseaux mondiaux de surveillance microbienne. Les progrès futurs dépendent également de l’intégration des microbes dans les stratégies nationales en matière de biodiversité et de climat, notamment les politiques « 30 millions d’ici 30 » et « Une seule santé ». Une autre priorité clé consiste à développer « une culture microbienne du public – en reconnaissant les microbes comme le fondement de l’écosystème et de la santé humaine ». La feuille de route souligne également l’importance des outils de jumeau numérique et d’IA pour anticiper la manière dont les communautés microbiennes réagiront aux changements environnementaux.
L’article a été publié aujourd’hui (20 novembre) dans Microbiologie durable.