Article fourni par Karen Dyson et Kayla Aburida
Lorsque nous avons commencé à utiliser l’ADN environnemental du sol (ADNe) pour comprendre comment les pratiques agricoles durables affectent la biodiversité, nous pensions que les parties les plus difficiles se trouveraient en laboratoire ou dans l’analyse. Nous avions tort. Au contraire, l’un des plus grands défis est survenu bien plus tôt : sur le terrain, lors de la collecte de données.
L’ADNe du sol est inégal, façonné par les microhabitats, la couverture végétale, la microtopologie, les conditions du sol et les mouvements des organismes. Cette inégalité constitue un problème pour un plan d’échantillonnage qui suppose le contraire. Notre protocole pilote demandait aux équipes de terrain de collecter des parcelles fixes et prédéfinies de 50 m : une idée simple qui s’est avérée lente et peu flexible en pratique, surtout lorsque nous passions déjà des heures à nous rendre sur des sites distants. Chaque ajustement maladroit de l’intrigue ressemblait à du temps perdu. Nous avons donc construit quelque chose de différent.
Dans notre nouvelle publication, nous décrivons une approche d’échantillonnage de sol de bout en bout et à grand volume qui remplace des parcelles fixes par une promenade sur l’ensemble du site. Un technicien de terrain se déplace sur tout le site, prélève de petites parcelles de sol de chaque microhabitat rencontré et regroupe le tout en un seul grand échantillon composite. Nous avons également développé une étape d’étalonnage pour déterminer la quantité totale de sol à collecter dans un écosystème donné. Dans notre travail de validation de principe à Pará, au Brésil, qui a abouti à un volume groupé recommandé de 2,4 litres, la méthode a réussi à distinguer les communautés d’arthropodes dans l’agriculture syntropique, la restauration, la forêt et l’agriculture conventionnelle.
Deux choses nous ont poussé vers cette conception. Il nous fallait d’abord une solution pratique : nous souhaitions une méthode que les agriculteurs partenaires et les collaborateurs locaux pourraient apprendre et utiliser eux-mêmes, sans dépendre d’un spécialiste venu de l’extérieur. L’approche bord à bord peut être enseignée le matin puis réalisée le jour même. L’autre motivation était scientifique : un nombre croissant de recherches sur l’ADNe (et nos propres travaux pilotes) suggèrent que des échantillons plus grands et plus répartis dans l’espace captent davantage de variation biologique que les petites parcelles fixes ne parviennent pas. Si le signal est inégal, votre échantillonnage doit correspondre à cela.
La méthode est également peu invasive car il n’y a pas de configuration de parcelle, pas de trous à creuser, rien qui perturbe un champ agricole actif plus que nécessaire. Et comme l’étape d’étalonnage est intégrée, l’approche peut être adaptée aux écosystèmes pour lesquels les protocoles eDNA du sol n’existent pas encore.
Nous avons commencé ce travail parce que nous voulions comprendre l’impact réel des pratiques agricoles durables sur la biodiversité à des échelles significatives afin de faire progresser les objectifs de durabilité et de conservation. Cela nécessite des outils de surveillance rigoureux et accessibles, qui résistent aux conditions réelles du terrain. C’est notre tentative d’en construire un.
Si vous voulez plus d’informations, le Papier PLOS UN qui a motivé ce travail est un bon point de départ. Notre nouvelle publication s’appuie directement sur ce que nous y avons appris.
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