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Gagnant annoncé pour le prix du chercheur en début de carrière – Methods Blog


Nous sommes ravis d’annoncer que Tanya Strydom est la gagnante du concours 2022 Prix ​​Robert May célébrant le meilleur article de la revue par un auteur en début de carrière.

Gagnant: Strydom a demandé

Recherche: Reconstruction du réseau trophique par transfert phylogénétique de la représentation du réseau de rang inférieur

À propos de la recherche

Malgré leur importance dans de nombreux processus écologiques, la collecte de données et d’informations sur les interactions écologiques est une tâche extrêmement difficile. Pour cette raison, de grandes parties du monde ont un déficit de données en ce qui concerne les interactions entre les espèces et la manière dont les réseaux qui en résultent sont structurés.

Dans leur article gagnant, Tanya et leur équipe présentent une méthode générale pour déduire les interactions trophiques potentielles. Utiliser une méthode d’apprentissage automatique qui applique les mécanismes appris d’un problème à un autre. En utilisant les informations des espèces, ils appliquent cet apprentissage par transfert à partir d’un réseau d’interaction connu, ils peuvent déduire les traits latents d’un autre pool d’espèces pour lequel il n’y a pas de données d’interaction antérieures sur la base de leur parenté phylogénétique avec les espèces du réseau connu.

L’un des principaux défis auxquels sont confrontés les écologistes des réseaux est la pénurie générale de données d’interaction, principalement parce que l’échantillonnage des interactions sur le terrain est difficile, ce qui signifie que nous avons besoin d’outils pour nous aider à prédire à quoi un réseau pourrait ressembler pour un emplacement donné. Cela ne devrait pas être une réponse définitive, mais une prédiction de la «forme» générale du réseau et de l’interaction la plus probable aiderait à guider l’échantillonnage dans de nouveaux endroits. C’est là qu’intervient la méthodologie développée dans cet article, qui s’inspire du concept d’apprentissage par transfert.

En termes simples, nous pouvons apprendre quelque chose des réseaux pour lesquels nous disposons de données empiriques et apporter ces informations avec nous à travers l’espace ou le temps pour construire un réseau probabiliste pour une région ou un pool d’espèces pour lequel nous n’avions aucune donnée d’interaction préalable. À l’aide d’interactions connues pour les mammifères européens, la façon dont ils interagissent à l’aide de l’intégration de graphes a été apprise et transférée (à l’aide de la parenté phylogénétique) pour construire un réseau de probabilités pour les mammifères terrestres canadiens.

L’espoir est que la flexibilité inhérente de ce cadre combinée à son faible coût de calcul nous permettra de tirer parti des données d’interaction dont nous disposons pour nous aider à créer des réseaux écologiquement plausibles « à partir de rien du tout », ce qui sera d’une valeur particulière pour les régions pour lesquelles nous avons peu ou pas de données d’interaction (mais avons une liste d’espèces).

À propos du gagnant

La formation initiale de Tanya, qui consistait en un B.Sc. et un B.Sc. (Hons) à l’Université de Pretoria et un M.Sc. à l’Université de Stockholm, axée sur l’écologie végétale. À cette époque, elle s’est particulièrement intéressée à l’effet des microclimats sur les communautés végétales. Bien qu’elle apprécie la nature plus pratique de son travail précédent, Tanya a toujours eu un vif intérêt pour le côté le plus effrayant (mathématique et informatique) de l’écologie. Cela l’a amenée à son poste actuel de doctorante. candidat sous la direction de Timothée Poisot à l’Université de Montréal.

Ses recherches actuelles consistent principalement à passer beaucoup de temps à réfléchir et à parler de l’information contenue dans les réseaux écologiques, et comment cette information nous permet de prédire les interactions. Un groupe de travail financé par l’Institut canadien d’écologie et d’évolution a servi de catalyseur à l’élaboration du cadre d’intégration et d’apprentissage par transfert de graphes. La possibilité de développer des méthodes et des outils pouvant être utilisés par d’autres est quelque chose que Tanya considère comme un aspect particulièrement gratifiant de son travail et quelque chose qu’elle espère poursuivre davantage à l’avenir.

Retrouvez l’article gagnant : «  Reconstruction du réseau trophique par transfert phylogénétique de la représentation du réseau de rang inférieur”, ainsi que les articles présélectionnés pour le Prix Robert May 2022 dans ce problème virtuel.





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